Principalele obiective de management pentru Parcul National Retezat sunt conservarea biodiversitatii si educatia ecologica. În Rezervatia Stiintifica Gemenele, aflata sub controlul direct al Academiei Române, se desfasoara cercetari în toate domeniile legate de biodiversitate. Dupa nationalizarea din 1948, padurile (si pentru câtiva ani si pasunile alpine) au fost administrate de o institutie de stat, actuala Directie Silvica Hunedoara, prin Ocoalele Silvice Retezat, Pui si Lupeni. Personalul silvic de la aceste ocoale a vegheat atent pentru a preîntimpina taierile ilegale de arbori si incendierea padurilor, precum si vânatul si pescuitul ilegal. Localnicilor li s-a permis sa duca vitele la pasunat, dar numai în anumite zone, pe când pasunatul oilor în parc a fost interzis.
Astazi, padurile din Parcul National se afla în administrarea Ocoalelor Silvice Retezat, Pui si Lupeni (în zona tampon). În scopul conservarii naturii, în rezervatia stiintifica sunt interzise exploatarea lemnului, vânatoarea si pescuitul precum si recoltarea fructelor si a ciupercilor.
Zona alpina este administrata de catre consiliile locale, care însa nu au personal de paza si supraveghere. Aici activitatea personalului silvic se rezuma doar la protejarea jneapanului (Pinus mugo) si a vietii salbatice. Dupa 1991, activitatea de pasunat s-a intensificat în mod considerabil, iar pagubele aduse naturii în Parcul National Retezat au crescut în mod îngrijorator.
În fiecare vara, turme de oi urca spre pasunile alpine, periclitând flora si fauna din zona (ex. numarul caprelor negre descreste în fiecare an). În mare parte, suprapasunatul se datoreaza prezentei turmelor de oi apartinând unor comune îndepartate sau chiar din alte judete si nu prezentei în munte a animalelor din satele care au drept de pasunat în aceste zone. Administratia Parcului National Retezat va trebui sa gaseasca solutii de stopare a distrugerilor provocate de pasunat cel putin în zonele care prezinta un potential natural de mare valoare. Cei ce sunt îndragostiti de natura se pot bucura de privelisti minunate în Retezat în orice anotimp. Aici vin an de an oaspeti de pretutindeni în cautarea linistii si a frumusetilor oferite cu darnicie de crestele muntilor, de limpezimea lacurilor, de flori si arbori, de pasari si capre negre.
În anii din urma câteva organizatii neguvernamentale au desfasurat activitati de control si monitorizare a turismului, de educatie ecologica precum si activitati de igienizare a locurilor de campare si a traseelor turistice. Administratia parcului intentioneaza sa organizeze si în viitor asemenea activitati si sa mentina colaborarea cu organizatiile neguvernamentale active în zona.
Administratia Parcului National Retezat (APNR) a fost înfiintata în 1999 si a început activitatile de implementare a proiectului "Managementul Conservarii Biodiversitatii" în toamna aceluiasi an.